Под его руководством созданы такие автоматические станции, как «Луна-9» (первая мягкая посадка на поверхность Луны, 1966 г.), «Луна-10» (первый искусственный спутник Луны, 1966 г.), «Луна-16» (доставка образцов лунных пород на Землю в автоматическом режиме, 1970 г.), «Луна-17» (первый управляемый с Земли самоходный исследовательский аппарат «Луноход-1», 1970 г.), «Венера-7» (1970 г.) и «Марс-3» (1971 г.), впервые в мире совершившие посадку на поверхности этих планет и передавшие информацию о них на Землю.
Исследования в космосе, проведённые аппаратами конструкции Г.Н. Бабакина, значительно обогатили фундаментальную науку новыми данными о Луне, Венере, Марсе и межпланетном пространстве. На обратной стороне Луны и поверхности Марса есть кратеры, названные в честь Г.Н. Бабакина.
На почтовой марке изображён портрет Г.Н. Бабакина на фоне космического аппарата «Луна-17».